यदि कोई डिस्क ड्राइव हाल ही में जोड़ा या हटाया गया था, या boot.ini को हाल ही में संशोधित किया गया था, तो boot.ini को अब ठीक से सेट नहीं किया जा सकता है। पहला कदम यह सत्यापित करना है कि boot.ini सही ढंग से कॉन्फ़िगर किया गया है।

बूट.इन फ़ाइल को देखने, संशोधित करने या जोड़ने के लिए, या तो फ्लॉपी डिस्केट से बूट करें, या यदि आप Microsoft Windows 2000 XP चला रहे हैं, तो रिकवरी कंसोल के माध्यम से दर्ज करें। यदि boot.ini फ़ाइल पाई जाती है और इसमें कोई त्रुटि नहीं है, तो यह समस्या रिकवरी कंसोल में chkdsk / r चलाकर Windows 2000 या XP चलाने वाले कंप्यूटरों पर भी हल की जा सकती है। अतिरिक्त जानकारी के लिए chkdsk कमांड पेज देखें।